由于Protel99 SE軟件的使用與Protel 98等軟件不同，因此，首先簡要討論采用Protel99 SE軟件進行
PCB設計的流程。
①由于Protel99 SE采用的是工程（PROJECT）數據庫模式管理，在Windows下是隱含的，所以應先鍵立1個數據庫文件用于管理所設計的電路原理圖與PCB版圖。
②原理圖的設計。為了可以實現網絡連接，在進行原理設計之間，所用到的元器件都必須在元器件庫中存在，否則，應在SCHLIB中做出所需的元器件并存入庫文件中。然后，只需從元器件庫中調用所需的元器件，并根據所設計的電路圖進行連接即可。
③原理圖設計完成后，可形成一個網絡表以備進行PCB設計時使用。
④PCB的設計。
a.PCB外形及尺寸的確定。根據所設計的PCB在產品的位置、空間的大小、形狀以及與其它部件的配合來確定PCB的外形與尺寸。在MECHANICAL LAYER層用PLACE TRACK命令畫出PCB的外形。
b.根據SMT的要求，在PCB上制作定位孔、視眼、參考點等。
c.元器件的制作。假如需要使用一些元器件庫中不存在的特殊元器件，則在布局之前需先進行元器件的制作。在Protel99 SE中制作元器件的過程比較簡單，選擇“DESIGN”菜單中的“MAKE LIBRARY”命令后就進入了元器件制作窗口，再選擇“TOOL”菜單中的“NEW COMPONENT”命令就可以進行元器件的設計。這時只需根據實際元器件的形狀、大小等在TOP LAYER層以PLACE PAD等命令在一定的位置畫出相應的焊盤并編輯成所需的焊盤（包括焊盤形狀、大小、內徑尺寸及角度等，另外還應標出焊盤相應的引腳名），然后以PLACE TRACK命令在TOP OVERLAYER層中畫出元器件的最大外形，取一個元器件名存入元器件庫中即可。
d.元器件制作完成后，進行布局及布線，這兩部分在下面具體進行討論。
e.以上過程完成后必須進行檢查。這一方面包括電路原理的檢查，另一方面還必須檢查相互間的匹配及裝配問題。電路原理的檢查可以人工檢查，也可以采用網絡自動檢查（原理圖形成的網絡與PCB形成的網絡進行比較即可）。
f.檢查無誤后，對文件進行存檔、輸出。在Protel99 SE中必須使用“FILE”選項中的“EXPORT”命令，把文件存放到指定的路徑與文件中（“IMPORT”命令則是把某一文件調入到Protel99 SE中）。
注：在Protel99 SE中“FILE”選項中的“SAVE COPY AS…”命令執行后，所選取的文件名在Windows 98中是不可見的，所以在資源管理器中是看不到該文件的。這與Protel 98中的“SAVE AS…”功能不完全一樣。
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